Il faut commencer par dire que l'histoire de Canillo s'inscrit comme partie indissociable de celle des autres vallée d'Andorre.
Le territoire de la paroisse de Canillo, situé à plus de 1500 mètres d'altitude avec un climat rude. Les premières populations des vallées n'y résidaient pas. Ces premiers habitants s'étaient installés plus bas dans les vallées, plus spécialement au lieu de La Margineda où le climat était plus clément et ils montaient plus haut dans les montagnes en saison estivale pour les cueillettes de fruits, la chasse et faire paître leurs chèvres. Plus récemment, des groupes humains commencèrent à s'installer plus haut dans les vallées, se sédentariser, établir de petites communautés, domestiquer des animaux pour s'alimenter et s'habiller.
Un petit artisanat se crée : fabrication d'outils, d'objets en bronze.

Des communautés se trouvent à demeure sur le territoire de Canillo, comme à Prats où des fouilles ont permis de trouver des récipients et vases de bronze, ainsi que des lignes géométriques gravées sur des rochers, supposées être un lieu de culte qui dans l'imagination populaire a vite fait de devenir un lieu de rituel magique. Il restera connu comme «  le Rocher des Sorcières. » 300 ans avant notre ère on retrouve des traces de ces tributs andosines qui, déjà, tissaient des liens d'échanges commerciaux et culturels avec l'extérieur.
L'histoire laisse un vide sur la période suivante jusqu'au VIIIème siècle, mais l'établissement des premières agglomérations étant établies, on peut supposer la mise en place progressive en cette période de hameaux à Prats, Canillo, Caselles, El Vilar, lieux de passage pour accéder aux vallées, donc lieux de contrôle et de défense. C'est à cette période que les constructions en dur ont fait leur apparition, que le développement d'une agriculture mieux équipée avec les charrues tirées par les bœufs, a permis les cultures plus faciles des céréales. L'élevage bovin, ovin, porcin s'est lui aussi structuré. La notion de propriété a commencé à prendre forme. La période romaine a amené une structure sociale et économique, la religion chrétienne a remplacé les anciens rites païens.

Arrive la chute de l’empire romain et les invasions barbares, puis la remontée musulmane dont les vallées d'Andorre seront préservées. Les troupes de Charlemagne ayant chassé les sarrasins, puis d'après la légende cédé les vallées d'Andorre au comte d'Urgell. Le nom de Canillo apparaît pour la première fois dans un document (Kanillaue) dans l'acte de consécration qui établit les divisions administratives en paroisses au IXème siècle. Dans le même document il est fait mention de l'église de Sant Cerni. C'est au cours des Xème et XIème siècles que les droits des comtes d'Urgell vont passer progressivement dans les mains de l'évêque d'Urgell, par donations successives.
A partir du IXème siècle les habitants de Canillo perdent leurs droits d'autonomie et de propriété, il doivent allégeance à l'église de Santa Maria d'Urgell.
Le 27 janvier 1133 le comte d'Urgell vend à l'évêque les biens et droits qu'il possède sur les vallées.

Au milieu du XIIème siècle, l'évêque d'Urgell ayant cédé le domaine des vallées d'Andorre aux vicomtes de Caboet, ces derniers incitent les habitants des vallées à se révolter contre le pouvoir de l'évêque. Il faudra attendre un accord en 1176 pour que l'équilibre des pouvoirs se rétablisse. Au cours du XIIème siècle la paroisse de Canillo se répartie en différents hameaux : Molleres, Meritxell, Prats, Sella, Quer, La Torra, El Puial, La Cal, Caselles, El Vilar, Les Moles et l'Angladella, tous situés dans les parties les moins élevées du territoire et totalisant une population d'environ 200 âmes. Le XIIème siècle a été également facteur de développement des lieux de cultes chrétiens, époque de construction d'une grande partie des chapelles dont sant Joan de Caselles et sant Miquel de Prats.

C'est à cette époque que commence la vénération de la vierge de Meritxell avec la découverte en plein mois de janvier, selon la tradition orale, Ade la statue de la vierge, sous un rosier fleuri dans la neige. Cette dernière portée à Canillo, se retrouva à Meritxell, puis portée à Encamp se retrouva à Meritxell, ce qui fit comprendre à la population qu'un lieu de culte devait y être érigé, dédié à Marie. Notre dame de Meritxell est la patrone d'Andorre.

Le XIIIème siècle voit s'affronter les seigneurs pour la primauté de leurs droits sur les vallées d'Andorre. Les habitants commencent à comprendre qu'ils sont sous la juridiction de différents seigneurs : l'évêque d'Urgell d'une part, le vicomte de Castelbo d'autre part qui à ce moment souhaite marier sa fille au fils du comte de Foix .En 1275, le comte de Foix demandera aux habitants d'Andorre de lui reconnaître tous les droits quand à l'administration de justice, en contrepartie de certains privilèges. Les guerres entre le comte de Foix et l'évêque d'Urgell cessent avec la signature en 1278 et 1288 des deux traités de paréage, C'est le début de la co-seigneurie en entente cordiale. A cette époque également des discutions ont lieu pour déterminer les limites administratives entre les paroisses de Canillo et d'Encamp, ainsi que celles avec le comté de Cerdagne, ce qui n'empêchera pas de nombreuses revendications par la suite, avec bagarres et procès successifs.

Au XIVème siècle des affrontement très durs se sont produits entre les habitants de Merens et ceux des paroisses de Canillo et Encamp. C'est aussi à cette époque que les responsables des paroisses prennent en charge l'administration des biens communs, paturages, forêts, chemins.

Au XVème siècle, certains, par leur niveau de richesse, se démarquent du reste de la population et s'identifient comme les notables en charge de l'administration de la paroisse et de sa représentation vis à vis de l'extérieur. C'est la création du conseil de la terre, ancêtre du conseil général actuel où seront représentées chaque paroisse.
La privatisation des droits de pâture et de propriété terrienne est effectuée par l'université, qui deviendra l'actuelle Comù et l'on voit apparaître des bergeries, les Cortals, les Orris, propriétés des notables, qui doivent en contrepartie payer les impôts et contributions.
La paroisse de Canillo voit sa population augmenter et de nouveaux hameaux prendre forme à L'Aldosa, Les Bordes, El Tarter, Praredo et Saldeu (actuelle Soldeu).

Avec le XVIème siècle apparaissent les premiers registres d'actes et des comptes de la Comù, ainsi que ceux des actes religieux par lesquels les actes de naissance et décès.
A la fin du XVIème siècle, la population de Canillo est de 350 habitants.
C'est une période de troubles dus aux guerres de religion se déroulant en France, avec des incursions de soldats ou huguenots, destructions de maisons,églises et pillages divers.

Le XVIIème siècle a été un siècle de misère pour toute la population de Canillo, marquée par la guerre, la famine et les ravages de la peste. L'Andorre se resserre dans ses vallée, mais subit les contrecoups des conflits entre Français et la couronne de Castille, puis entre Français et Catalans. La paroisse de Canillo est fortement endettée et doit vendre nombre de ses biens pour subsister. C'est aussi à cette époque que naissent des différents avec Encamp sur les droits de pâture, différentsqui subsistent encore aujourd'hui, mais qui sont calmés par le concordat signé. Ces lieux sont connus sous le nom de terrains de concorde.

Le début du XVIIIème siècle voit la couronne d'Espagne annexer la Catalogne dans laquelle le Catalan est banni. L'Andorre devient le bastion de défense de cette langue.
Nous entrons dans un siècle de prospérité, basé sur l'élevage ainsi que sur l'exploitation minière du fer, principalement dans les mines de Ransol, son traitement et transformation dans les forges dont celle de El Tarter.L'agriculture  reste une culture traditionnelle du seigle faisant tourner les nombreux moulins présents et, une nouveauté, la culture du tabac qui prend une place de plus en plus importante. La population augmente, les bourgs également, les églises sont restaurées et même agrandies.

Au cours du XIXème siècle la révolution Carliste vient semer la terreur dans la paroisse de Canillo où les troupes font de gros dégâts après ceux provoqués au début du siècle par les habitants de l'Hospitalet et de Merrens suite à un différent sur des droits de propriété sur la Solana d'Andorra. La seconde moitié du siècle sera marquée par la concurrence des hauts fourneaux qui fera péricliter l'industrie Andorrane et provoquera un départ important de populations vers les pays voisins. La culture du seigle, des pommes de terre, l'élevage des porcs, permettra à la population restante de survivre. La culture du tabac prendra elle aussi une part importante pour permettre de passer ce cap difficile.
C'est au cours du XIXème siècle qu'avec la « Nova Reforma », la vie politique de l'Andorre se démocratise, donnant le droit de participer à l'élection des consuls et conseillers, à tous les chefs de famille masculins et également le droit d'y être élus. Autre épisode, contrecoup des réformes démocratiques dans les pays voisins : la destitution du conseil général pour mettre en place une institution progressiste,de ce fait, affrontements entre les partisans et opposants, dont certains dans la paroisse de Canillo, avant de revenir à une institution plus traditionnelle. Ces événement n'ont toutefois pas détruit l'unité de Canillo qui a continué à se structurer avec la création de la première école pour garçons et filles dans la paroisse et la mise en service de « La Crema », société de protection contre les incendies.

Le XXème siècle sera le siècle du tourisme qui sera fortement favorisé par les prix avantageux pratiqués en Andorre et aussi essentiellement par le développement des infrastructures : distribution électrique, constructions de la route vers la France depuis Andorre la Vieille. Une période toutefois sera tragique avec d'une part la seconde guerre mondiale d'un côté et la guerre civile espagnole de l'autre côté.
La seconde moitié du XXème siècle sera une période de croissance extrêmement rapide pour le pays qui atteindra les 70000 habitants, avec la création de nombreuses structures hôtelières, commerces ainsi que le développement des sports d'hiver très importants sur Canillo.

Le XXIème siècle débute sous le signe de la croissance du tourisme d'été, avec les aléas liés à la situation économique mondiale. Les infrastructures réalisées ces dernières années sont importantes : Tunnel d'Envalira, tunnel de liaison entre Andorre la Vieille et La Massana, tunnel des deux vallées entre Encamp et La Massana, mise en quatre voies d'une grande partie de l'axe transversal du pays. Canillo est le passage obligé du flux touristique et s'est bien adaptée à cette situation nouvelle qui peut en faire un des pôles principaux de la Principauté.

Sources : Texte de Domenech Bascompte Grau.
Archiviste paroisse de Canillo.

Traduction et résumé : Michel Bonnefoy.